Une démarche contractuelle et volontaire
La France, dans sa mise en place du réseau Natura 2000, a choisi, pour atteindre ces objectifs, la voie volontaire et contractuelle. Différents outils pour la gestion des sites Natura 2000 ont donc été mis en place, sans s'imposer aux propriétaires, usagers ou ayants-droits concernés :
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les contrats Natura 2000 : le signataire s'engage à mettre en place une gestion, en respectant un cahier des charges. Le coût de cette gestion lui sera remboursé, sur présentation de factures ou suivant un barème s'il réalise lui-même les travaux
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les mesures agri-environnementales (MAEt) : l'agriculteur s'engage sur un cahier des charges, et sera indemnisé pour les surcoûts et manques à gagner induits. Les MAEt sont construites à partir de règles nationales définies par un document, le PDRH
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la charte Natura 2000 : le signataire s'engage à maintenir ou mettre en place des bonnes pratiques, ne donnant pas lieu à rémunération mais donnant droit à des exonérations de taxe foncière
L'ensemble de ces outils sont des "contrats" signés sur 5 ans entre les propriétaires, ayants-droits ou usagers des sites Natura 2000 d'une part, et l'Etat d'autre part. Ils visent la mise en place ou le maintien d'une gestion favorables aux habitats et espèces d'intérêt communautaire, et donnent lieu à des compensations financières, ou des incitations fiscales.
En effet, la démarche Natura 2000 impose aux Etats membres de la Commission Européenne une obligation de résultat : la préservation des habitats et espèces d'intérêt communautaire, reconnus comme tels dans le cadre des deux directives, mais pas d'obligation de moyen. La France a donc choisi de miser avant tout sur le volontariat des acteurs locaux.
Evaluer et prévenir les impacts des activités humaines : l'évaluation des incidences
En parallèle à ces outils contractuels, la nécessité de concilier les projets d'aménagement et la conservation des habitats et espèces d'intérêt communautaire, un processus d'évaluation des incidences a été mis en place.